พ.ศ. 2485 เมื่อเปิดสอนครั้งแรกใช้ชื่อว่า “โรงเรียนประชาบาลตำบลบางปลา 2 (วัดเกาะแรต)” ชาวบ้านเกาะแรต และตำบลใกล้เคียงรวบรวมเงินบริจาคได้ 7,000 บาท (เจ็ดพันบาท) ทางราชการสมทบ 2,000 บาท (สองพันบาท) ได้เริ่มทำการก่อสร้างอาคารแบบ ป.2 ของกระทรวงศึกษาธิการมี 2 ห้อง มุขข้าง 1 มุข อาคารเป็นรูปตัวแอล ตั้งอยู่ทางทิศตะวันออกของวัดเกาะแรต
        ในปี พ.ศ. 2493 ทางราชการใช้ชื่อโรงเรียนว่า “โรงเรียนประชาบาลตำบลบางปลา 2 (อุภัยเพชรพิทยาคาร)” ในปี พ.ศ. 2495 ทางราชการใช้ชื่อโรงเรียนว่า “โรงเรียนวัดเกาะแรต (อุภัยเพชรพิทยาคาร)” จนถึงปัจจุบัน
        เมื่อวันที่ 30 กันยายน 2514 องค์การบริหารส่วนจังหวัดนครปฐม ได้อนุมัติให้สร้างอาคารเรียนขึ้นใหม่เป็นแบบ 008 ตามหนังสือ อจ.นฐ.ที่ 952/2514 ลว. 29 กันยายน 2514 และได้ก่อสร้างเสร็จเมื่อ วันที่ 15 เมษายน 2515 ใช้เป็นอาคารเรียนเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2515
        ปี พ.ศ. 2516 ได้รับงบประมาณก่อสร้างบ้านพักครูหลังที่ 1 แบบกรมสามัญ 1 หลัง
        ปี พ.ศ. 2518 ได้รับงบประมาณก่อสร้างบ้านพักครูหลังที่ 2 แบบกรมสามัญ
        ปี พ.ศ. 2519 ได้รับงบประมาณก่อสร้างอาคารเอนกประสงค์แบบ 312 จำนวน 1 หลัง
        ปี พ.ศ. 2521 ได้รับงบประมาณก่อสร้างบ้านพักครูหลังที่ 3 แบบกรมสามัญ
        ปี พ.ศ. 2523 ได้รับงบประมาณก่อสร้างต่อเติมมุขด้านตะวันตกอีก 1 ห้อง
        ปี พ.ศ. 2528 ได้รับงบประมาณก่อสร้างส้วม 1 หลัง 4 ที่นั่ง จำนวน 40,000 บาท
        ปี พ.ศ. 2532 ได้รับงบประมาณก่อสร้างเรือนเพาะชำ แบบ พ.1 และปรับปรุงระบบไฟฟ้าภายในอาคารเรียน
        ปี พ.ศ. 2533 ได้รับงบประมาณก่อสร้างส้วม 1 หลัง 4 ที่นั่ง จำนวนเงินงบประมาณ 50,000 บาท
        ปี พ.ศ.2534กรรมการศึกษาได้สร้างกำแพงด้านหน้าโรงเรียน มอบให้โรงเรียนเป็นเงิน 180,000 บาท
        ปี พ.ศ. 2537 ได้รับบริจาควัสดุจากเจ้าอาวาสวัดเกาะแรต และแรงงานจากกรรมการการศึกษา ผู้ปกครอง สร้างถนนคอนกรีตหน้าอาคารเรียนแบบ 008 คิดเป็นเงิน 12,000 บาท
        ปี พ.ศ. 2539 ขอความร่วมมือจากกรมทรัพยากรธรณี ขุดเจาะบ่อบาดาลขนาด 6 นิ้ว ลึก 123 เมตร และขอความอนุเคราะห์จากสภาตำบลบางปลา จัดสร้างหอถังน้ำบาดาลพร้อมอุปกรณ์มอบให้โรงเรียนคิดเป็นเงินทั้งสิ้น 320,000 บาท เพื่อแก้ปัญหาการขาดแคลนน้ำอุปโภคบริโภคของโรงเรียน
          ปี พ.ศ. 2539 จัดถมดินบริเวณโรงเรียน และสนามฟุตบอล งบพัฒนาจังหวัดโดย ส.ส. พรศักดิ์ เปี่ยมคล้า คิดเป็นเงิน 63,000 บาท เพื่อแก้ไขให้บริเวณโรงเรียน และสนามฟุตบอลสูงพ้นจากน้ำท่วม จัดสร้างโรงจอดรถจักรยาน เพื่อให้เด็กนักเรียนจอดรถจักรยานในที่ร่ม งบพัฒนาจังหวัดโดย ส.ส.ชาญชัย ปทุมารักษ์ งบประมาณ 20,000 บาท
        ปี พ.ศ. 2540 จัดถมดินบริเวณสนามเพื่อยกระดับพื้นสนามให้สูงขึ้น งบพัฒนาจังหวัด 60,000 บาท โดย  ส.ส. ไชยยศ  สะสมทรัพย์
ปรับปรุงอาคารเรียนแบบ 008 จำนวน 10 ห้องเรียน ให้เป็นปัจจุบัน ได้รับงบประมาณค่าวัสดุ (ค่าสี) 98,900 บาท ค่าแรงได้รับการบริจาคจากกรรมการโรงเรียนและผู้ปกครอง
ซ่อมแซมอาคารเอนกประสงค์ ทำการซ่อมแซม และยกตัวอาคารให้สูง 60 ซม. เพื่อป้องกันน้ำท่วมทำการถมทราย เทพื้น คสล.ใหม่ ได้รับความร่วมมือจากโรงสีกิจประเสริฐ กรรมการโรงเรียน ผู้ปกครอง บริจาค ค่าแรงงาน ค่าวัสดุ คิดเป็นค่าซ่อมแซมปรับปรุงทั้งสิ้น 104,200 บาท
ปรับปรุงบริเวณด้านหน้ารั้วโรงเรียนโดยตกแต่งบ่อปลูกบัวสี ก่อกระถางปลูกไม้ดอกไม้ประดับได้รับบริจาค ค่าจ้างแรงงาน ค่าวัสดุ จากกรรมการโรงเรียน ผู้ปกครองนักเรียน และโรงสีกิจประเสริฐ คิดเป็นเงินทั้งสิ้น 45,290 บาท
       ปี พ.ศ. 2541 ได้รับงบประมาณเป็นค่าซ่อมแซมอาคารเรียนแบบ 008 เป็นเงิน 70,300 บาท
       ปี พ.ศ. 2542 ได้รับจัดสรรงบประมาณค่าก่อสร้างอาคารเรียนแบบ สปช. 105/29 ขนาด  4 ห้องเรียน จำนวน 1 หลัง งบประมาณ 1,832,000 บาท
       ปี พ.ศ. 2543 ได้รับบริจาคอาคารเรียนแบบ สปช. 105/29 ขนาด 6 ห้องเรียน จำนวน 1 หลัง เป็นจำนวนเงิน 1,827,900 บาท จากคุณสราวุธ  กิจประเสริฐ (โรงสีกิจประเสริฐ) และได้รับบริจาคครุภัณฑ์คอมพิวเตอร์ จำนวน 14 เครื่อง จากผู้ปกครอง รวมเป็นเงิน 420,000 บาท
       ปี พ.ศ. 2544 ปรับปรุงฟุตบาธด้านหลังอาคารเรียน – งบประมาณบริจาค 55,040 บาท
       -ปรับปรุงเครื่องเล่น จัดสร้างร่มสนามเด็กเล็ก งบประมาณจากการบริจาคของคุณเหม็ง และกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน 69,047 บาท
       -ซ่อมแซมส้วม งบประมาณบริจาค 4,248 บาท
       -ปิดกั้นห้องใต้บันไดอาคาร – และประตูเหล็กม้วน งบประมาณบริจาคเป็นเงิน 8,518 บาท
       -จัดทำร่องระบายน้ำบริเวณอาคาร 1 งบประมาณบริจาค 9,490 บาท
       -ปรับปรุงระบบเปิด  ปิดไฟฟ้าอาคาร 2, 3 แบบอัตโนมัติงบประมาณบริจาค เป็นเงิน 6,043 บาท
       -ปรับปรุงเสียงตามสาย และห้องประชุมงบประมาณบริจาค 5,699 บาท
       ปี พ.ศ. 2544 จัดสร้างอาคารเก็บถังน้ำเย็น งบประมาณบริจาค 45,337 บาท
       ปี พ.ศ. 2544 ปรับปรุงสนามด้านหน้าอาคารเรียน โดยการถมดินกว้าง 80 เมตร ยาว 90 เมตร สูง 70 ซม. งบประมาณจากองค์การบริหารส่วนจังหวัดนครปฐม 550,000 บาท
       ปี พ.ศ. 2544 ปรับปรุงห้องวิทยาศาสตร์ ตู้เหล็กเก็บอุปกรณ์ และอุปกรณ์วิทยาศาสตร์ งบประมาณ บริจาค 25,000 บาท
       ปี พ.ศ. 2545 ติดตั้งหม้อแปลงไฟฟ้าและปรับปรุงระบบไฟฟ้าภายใน งบประมาณจากทางราชการเป็นเงิน 214,000 บาท
        -ปรับปรุงห้องปฏิบัติการคอมพิวเตอร์โดยการติดตั้งประตูกระจก ปรับปรุงระบบไฟฟ้าภายในติดตั้งเครื่องปรับอากาศขนาด 48,000บี.ที.ยู งบประมาณบริจาคโดย คุณสราวุธกิจประเสริฐ เป็นเงิน76,000 บาท
        -จัดสร้างส้วมแบบ สปช. 105/9 ขนาด 4 ที่นั่ง และรั้วโรงเรียนยาว 30 เมตร งบประมาณบริจาค 112,000 บาท
        -ปรับปรุงซ่อมแซมบ่อน้ำบาดาลโดยเปลี่ยนเครื่องสูบ (ซัมเมอร์ส) งบประมาณบริจาค 20,000 บาท
ปี พ.ศ. 2548 คุณมานัส กิจประเสริฐ ติดตั้งแผงกันสาดบังแดดหน้าอาคาร 2 งบประมาณบริจาคเป็นเงิน 20,000 บาท ปูกระเบื้องพื้นห้องอนุบาล 2 ห้อง งบประมาณ 16,400 บาท ปูกระเบื้องห้องผู้บริหาร ห้องธุรการ งบบริจาค 17,500 บาท
บริษัท วรวรรธน์ทักษิณ จำกัด บริจาคคอมเฟรสเซอร์แอร์ คิดเป็นเงิน 20,000 บาท
โรงเรียนได้ดำเนินการรื้อถอนบ้านพักครูหลังที่ 1 ซึ่งชำรุดทรุดโทรม นำวัสดุมาจัดสร้างเวทีการแสดงของนักเรียน บริเวณใต้อาคารเรียน 3 (อาคารกิจประเสริฐ) โดยได้รับบริจาคค่าจ้างแรงงานจากคุณมานัส  กิจประเสริฐ จำนวนเงิน 15,000 บาท (หนึ่งหมื่นห้าพันบาทถ้วน)
        -พ.ศ. 2554 ได้รับบริจาคเงินจากคุณอู๋  ภาสุวเกียรติ 36,000 บาท เพื่อจัดซื้อคอมพิวเตอร์ 2 ชุด
        -ได้รับบริจาคถนน คสล. จากคุณอู๋  ภาสุวเกียรติ ขนาดกว้าง 2.50 เมตร ยาว 100 เมตร สูง 10 เซนติเมตร คิดเป็นเงิน 125,000 บาท
       ปี พ.ศ. 2551 มูลนิธิโอวัลติน เพื่อเด็กไทยสดใสแข็งแรง บริจาคเงินสนับสนุนโครงการห้องสมุดรักการอ่าน 100,000 บาท (หนึ่งแสนบาท) ทำให้เป็นห้องสมุดที่มีกิจกรรมเคลื่อนไหวตลอดเวลา ส่งผลให้ได้รับการประเมินคุณภาพภายนอก (สมศ.) รอบ 2 ใน มฐ. 6 ในระดับคุณภาพดีมาก
คุณอู๋  ภาสุวเกียรติ บริจาคเงิน 36,000 บาท จัดซื้อคอมพิวเตอร์ 2 ชุด สนับสนุนการเรียนการสอนคอมพิวเตอร์ทำให้เด็กได้มีโอกาส เรียนคอมพิวเตอร์ได้มากขึ้น
        ปี พ.ศ. 2552 ผญ.รุ่งโรจน์  เพชรยวน – คุณมานัส  กิจประเสริฐ และ ส.อบต.รุ่งนภา  เพชรออย ติดตั้งมุ้งลวดเพื่อป้องกันยุงให้ชั้นอนุบาล 1,2 เป็นเงิน 20,000 บาท
คุณอู๋  ภาสุวเกียรติ บริจาคถนน คสล. หน้าอาคารเรียน 2, 3 ขนาดกว้าง 2.50 เมตร ยาว 100 เมตร หนา 10 ซม. คิดเป็นเงินทั้งสิ้น 125,000 บาท
บริษัท เลนโซ่วีล จำกัด (ประสานงานโดยคุณยุวดี มีเมศกุล) บริจาคเงินจัดซื้อครุภัณฑ์ 50,000 บาท
กำนันเกรียงวิทย์  วิริยะหิรัญไพบูลย์ บริจาคเงินสมทบปรับปรุงบ้านพักครู 10,000 บาท
  ผญ.รุ่งโรจน์  เพชรยวน  บริจาคเงินสมทบปรับปรุงบ้านพักครู 5,000 บาท
ผญ.กำจร  เพชรยวน  บริจาคเงินสมทบปรับปรุงบ้านพักครู 5,000 บาท
ส.อบต.รุ่งนภา  เพชรออย  บริจาคเงินสมทบปรับปรุงบ้านพักครู 5,000 บาท
คุณมานัส  กิจประเสริฐ บริจาคกันสาดขนาดกว้าง 3 เมตร ยาว 26 เมตร และสมทบทุนก่อสร้างปรับปรุงซ่อมแซมบ้านพักครูรวมเป็นเงิน 165,000 บาท
        พ.ศ. 2556 คุณนภาวรรณ  กิจประเสริฐ  บริจาคอาคารเอนกประสงค์ขนาดกว้าง 10  เมตร  ยาว  25  เมตร ขนาดพื้นที่  250  ตารางเมตร พร้อมห้องครัว งบประมาณ2,500,000  บาท (สองล้านห้าแสนบาทถ้วน)
        ปีพ.ศ. 2557โรงสีกิจประเสริบบริจาคโต๊ะ เก้าอี้สแตนเลส จำนวน 24 ชุด เป็นเงิน100,000
(หนึ่งแสนบาทถ้วน)
        ปีพ.ศ. 2558 ได้รับงบโรงเรียนดีประจำตำบล ต่อเติมสร้างห้องประชุมใต้อาคารเรียน งบประมาณ190,000 บาท(หนึ่งแสนเก้าหมื่นบาท) และได้รับงบกระตุ้นเศรษฐกิจ สร้างถนนคอนกรีตเข้าหน้าโรงเรียนและปูกระเบื้องหน้าอาคารเรียน   งบประมาณ 150,000 บาท(หนึ่งแสนห้าหมื่นบาท)
        ปีพ.ศ.2559 ได้รับงบจากสพป.นครปฐม เขต2 เปลี่ยนหลังคาอาคาร2  ปูกระเบื้องใต้ถุนอาคาร2   และปูกระเบื้องหน้าระเบียงอาคาร3   งบประมาณ 380,800 บาท(สามแสนแปดหมื่นแปดร้อยบาทถ้วน)
ปัจจุบันโรงเรียนวัดเกาะแรต มีข้าราชการครูและบุคลากรทางการศึกษา รวม 9 คน ครูจ้างสอน 2 คน